空腹時不宜食用柿子，因為柿子中含有較多的鞣酸和果膠。在空腹狀態下，它們會在胃酸的作用下形成大小不等的硬塊。如果這些硬塊不能通過幽門到達小腸，就會滯留在胃中形成胃柿石。小的胃柿石最初如杏子核，但會愈積愈大。如果胃柿石無法被自然排出，就會造成消化道梗阻，出現上腹部劇烈疼痛、嘔吐甚至嘔血等癥狀。曾在手術中發現大如拳頭的胃柿石。如果胃“有底”的話，就可避免胃柿石的形成。

有些人認為吃柿子的同時咀嚼柿子皮比單吃柿子更有味道，但實際上這種吃法是不科學的。因為柿子中的鞣酸絕大多數集中在皮中，在柿子脫澀時，不可能將其中的鞣酸全部脫盡，如果連皮一起吃更容易形成胃柿石，尤其是脫澀工藝不完善時，其皮中含的鞣酸更多。

中醫學中，螃蟹與柿子都屬寒性食物，故而不能同食。從現代醫學的角度來看，含高蛋白的蟹、魚、蝦在鞣酸的作用下，很容易凝固成塊，即胃柿石。

對于糖尿病人來說，柿子中的糖類含量較高，尤其是簡單的雙糖和單糖（如蔗糖、果糖、葡萄糖），吃后很容易被吸收，使血糖升高。對于血糖控制不佳的糖尿病人而言，吃柿子是有害的。

柿子中的鞣酸能與食物中的鈣、鋅、鎂、鐵等礦物質形成不能被人體吸收的化合物，使這些營養素不能被利用，故而多吃柿子容易導致這些礦物質缺乏。又因為柿子中含糖較多，所以人們吃柿子比吃同樣數量的蘋果、梨更有飽腹感，從而會影響食欲，并減少正餐的攝入。一般認為，在不空腹的情況下，每次吃柿子不超過200克為宜。

此外，需要提醒的是，由于柿子含糖高，且含果膠，吃柿子后總有一部分留在口腔里，特別是在牙縫中，加上弱酸性的鞣酸，很容易對牙齒造成侵蝕，形成齲齒，故而在吃柿子后宜喝幾口水，或及時漱口。