染色體異常有一部分是來自遺傳，但大多數染色體異常疾病（如唐氏綜合征和Turner綜合征）并不是由上一代傳給下一代的。

一些染色體異常是由染色體數目的變化引起的。這些變化不是遺傳的，而是在生殖細胞（卵子和精子）的形成過程中作為隨機事件發生的。細胞分裂中的一種稱為非分離的錯誤導致生殖細胞具有異常數量的染色體。例如，生殖細胞可能偶然地獲得或丟失染色體的一個拷貝。如果這些非典型生殖細胞之一對孩子的基因構成有貢獻，那么孩子體內的每個細胞中都會有一個額外的或缺失的染色體。

染色體結構的改變也會引起染色體異常。染色體結構的一些變化可以遺傳，而其他變化在生殖細胞形成或早期胎兒發育過程中作為隨機事故發生。由于這些變化的遺傳可能是復雜的，人們擔心這種類型的染色體異常可能想與遺傳學專家交談。

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一些癌細胞的染色體數目和結構也發生了變化。因為這些變化發生在體細胞（除了卵和精子之外的細胞）中，所以它們不能從一代傳到下一代。

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